El CONASAN está conformado por las autoridades máximas de cuatro instituciones de gobierno: Secretaría Técnica de la Presidencia (STP), Ministerio de Salud (MINSAL), Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG) y Secretaría de Inclusión Social (SIS).
La institución que preside este Consejo es el MINSAL; en este caso, la Ministra de Salud.
A mayo de 2013, los ministros que conforman el CONASAN son:
Ministra de Salud y presidenta del CONASAN, Violeta Menjívar.
Ministro de Agricultura y Ganadería, Orestes Ortez.
Secretario Técnico y de Planificación de la Presidencia, Roberto Lorenzana.
Secretaria de Inclusión Social, Vanda Pignato.
